「リンクモンスター」「融合モンスター」等のエクストラデッキから特殊な方法で出すモンスターのみを置くゾーンです。
左右に１つずつありますが、デュエル中は基本的にお互いのプレイヤーが１つずつこのゾーンを使用します。
このゾーンのモンスターはメインモンスターゾーンの５体には含まれません。
（公式ルールブック 新マスタールール対応 バージョン 1.0 より引用）
新マスタールールで導入された新たなモンスターゾーン。
これまでのメインモンスターゾーンとは別に、各プレイヤーが１箇所のエクストラモンスターゾーンを使用できる。
エクストラリンクとなれば両方のエクストラモンスターゾーンを１人のプレイヤーが使う事もできるので、理論上は最大で７体のモンスターをフィールドに出せるようになった。
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから手札へ移動できるペンデュラムモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから墓地を経由してメインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから除外を経由してメインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でメインモンスターゾーンに移動できるものの内、能動的でない条件を有するものについては自己再生も参照
Ｑ：フィールドにリンクモンスターが存在せず、エクストラモンスターゾーンは空いています。
「チェーン１：《水晶機巧−シトリィ》」「チェーン２：《水晶機巧−クオン》」とチェーンを積むことはできますか？
Ａ：はい、チェーンを積むことができます。
この場合、《水晶機巧−クオン》の効果によりエクストラモンスターゾーンが埋まるため《水晶機巧−シトリィ》の効果は墓地から特殊召喚までが処理されます。(17/04/01)