「リンクモンスター」「融合モンスター」等のエクストラデッキから特殊な方法で出すモンスターのみを置くゾーンです。
左右に１つずつありますが、デュエル中は基本的にお互いのプレイヤーが１つずつこのゾーンを使用します。
このゾーンのモンスターはメインモンスターゾーンの５体には含まれません。
（公式ルールブック 新マスタールール対応 バージョン 1.0 より引用）
新マスタールールで導入された新たなモンスターゾーン。
これまでのメインモンスターゾーンとは別に、各プレイヤーが１箇所のエクストラモンスターゾーンを使用できる。
エクストラリンクとなれば両方のエクストラモンスターゾーンを１人のプレイヤーが使う事もできるので、理論上は最大で７体のモンスターをフィールドに出せるようになった。
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから直接メインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから手札へ移動できるペンデュラムモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから魔法＆罠ゾーンを経由してメインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから墓地を経由してメインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でエクストラモンスターゾーンから除外を経由してメインモンスターゾーンへ移動できるモンスター
―自身の効果でメインモンスターゾーンに移動できるものの内、能動的でない条件を有するものについては自己再生も参照
Ｑ：フィールドにリンクモンスターが存在せず、エクストラモンスターゾーンは空いています。
「チェーン１：《水晶機巧−シトリィ》」「チェーン２：《水晶機巧−クオン》」とチェーンを積むことはできますか？
Ａ：はい、チェーンを積むことができます。
この場合、《水晶機巧−クオン》の効果によりエクストラモンスターゾーンが埋まるため《水晶機巧−シトリィ》の効果は墓地から特殊召喚までが処理されます。(17/04/01)
Ｑ：向かって左側のエクストラモンスターゾーンの自分のモンスターを素材として、右側のエクストラモンスターゾーンにシンクロモンスター・エクシーズモンスター・リンクモンスターを特殊召喚できますか？
Ａ：自分が使用しているエクストラモンスターゾーンのモンスターを素材として使用するのであれば、もう片方のエクストラモンスターゾーンへシンクロモンスター・エクシーズモンスター・リンクモンスターを特殊召喚することができます。(17/04/20)
Ｑ：左側のエクストラモンスターゾーンの《Ｎｏ.３９ 希望皇ホープ》に重ねて、右側のエクストラモンスターゾーンに《ＣＮｏ.３９ 希望皇ホープレイ》をエクシーズ召喚することはできますか？
Ａ：自分から向かって右側のエクストラモンスターゾーンへ、その《Ｎｏ.３９ 希望皇ホープ》をエクシーズ素材として《ＣＮｏ.３９ 希望皇ホープレイ》を上から重ねてエクシーズ召喚することはできます。(17/04/20)
Ｑ：《ＲＵＭ−バリアンズ・フォース》を、左側のエクストラモンスターゾーンのモンスターを対象に発動し、右側のエクストラモンスターゾーンにエクシーズモンスターを特殊召喚することはできますか？
Ａ：自分から向かって左側のエクストラモンスターゾーンのモンスターを対象として《ＲＵＭ−バリアンズ・フォース》を発動し、右側のエクストラモンスターゾーンへエクシーズモンスターをエクシーズ召喚することができます。(17/04/20)