「チェーン」とは、魔法や罠カードなどの応酬をスムーズに解決するためのシステムで、１枚のカードの発動に対応して別のカードを発動させる行為のことをいいます。
カードが効果を発動した時、相手プレイヤーはそれに対して、必ずチェーンするチャンスを与えられます。
ここで相手がチェーンするかどうかを確認せずに、処理を進めてしまわないように注意してください。
相手がチェーンをした場合、今度は自分がチェーンをすることが可能になります。
相手がチェーンしなかった場合は、自分のカードを自分自身でチェーンすることも可能です。
こうしてチェーンは可能な限り積み重ねることができ、お互いにチェーンをしなくなった時、最後にチェーン発動されたカードから順に効果の処理をしていきます。
最初に発動したカードを「チェーン１」とし、チェーン発動するごとにチェーン２、チェーン３…とチェーンブロックが積み上げられていきます。
チェーン発動が終了すると効果の処理に入り、最後に発動したチェーンから順に効果の処理を行っていきます。
まず、チェーン３の《盗賊の七つ道具》を最初に処理し、《マジック・ジャマー》の発動が無効になります。
次にチェーン２の《マジック・ジャマー》の処理ですが、先の《盗賊の七つ道具》の効果で不発に終わりました。
したがって《マジック・ジャマー》の効果で無効にされるはずだった、チェーン１の《サイクロン》の効果は無事処理され、最初の目的通り、フィールド上に存在する魔法・罠カード１枚が破壊されました。
チェーンはカード（効果）の発動に対して行う行動です。
「モンスターの各種召喚」「リリース」「コスト」はカード（効果）の発動ではないので、これに対してチェーンをすることはできません。
（公式ルールブック バージョン 1.0 より引用）
通常魔法、速攻魔法、通常罠などは基本的に発動→処理終了後、ルールによって墓地送り?になる。
チェーン処理が起きたときには、その一連のチェーンが全て終了した時点で全て同時にルールによって墓地に送られる?。
チェーン処理時には魔法＆罠カードゾーンにこれらのカードも存在することになり、破壊対象に選ぶことは可能である。
他方で、チェーン処理途中で「《サイクロン》などで破壊対象にされた」場合、結果「《サイクロン》などで破壊される」ので終了時点ではフィールドに既に無いことになる。
効果（カード）を発動した場合、その効果を発動したプレイヤーは、必ず相手プレイヤーにチェーンするか・しないかを確認する必要があります。
この時点では発動した効果の処理は行いません。
お互いに”チェーンをしない”としてから効果の処理を開始します。
（公式ルールブック バージョン 1.0 より引用）
優先権が移らない行動（優先権を参照）直後にターンプレイヤーは優先権を行使して「クイックエフェクトを発動することができる。
カード・効果の発動、あるいは優先権を放棄した後は、優先権は相手に移り、相手がクイックエフェクトを発動するかどうか選択することができる。
相手プレイヤーが何か発動、あるいは優先権の放棄をした後、改めてターンプレイヤーはクイックエフェクトを発動することができる。
お互いが優先権を放棄した場合、チェーンが組まれていればチェーン処理、なければ、ターンプレイヤーがフェイズの移動などをすることができる。
相手に確認せずにクイックエフェクトを連続で発動した場合、巻き戻しをしなければならないことがある。
いずれにしても、第２ブロック以降で効果を発動した場合、一つ目に発動した効果は第１チェーンとして扱い、以下優先権を交互に移しながらクイックエフェクトのチェーンを組み、効果処理時に逆順で処理する。
第２チェーンを組まない限り、一つめの発動は第１チェーンとして扱わず、「チェーンが発生した」事にも為らない。
もちろん、スペルスピードの速いものの発動後に遅いものは発動できない。
複数の誘発効果、リバース効果が同時に発動した場合、チェーンブロックを組んで処理することになる。
一時的にスペルスピードは無視される。
その際、チェーンブロックを組む優先順位が存在し、
の順序で組む。
更に同じ優先順位の誘発効果が複数あった場合、任意の順番でチェーンを組むことができる。
攻撃力上昇系フィールド魔法と《王虎ワンフー》の関係は、上記と少し違うので注意。
フィールドに出た時点で攻撃力が上昇しているとして考えるので、もしその上昇後の攻撃力が1400を超過していたならば、《王虎ワンフー》の誘発効果は｢発動すらしない｣。
(攻撃力が1400より高いモンスターを召喚した、と考える)
また、《ＤＮＡ改造手術》で機械族を指定していた場合、それ以外の種族のモンスターを特殊召喚しても｢機械族を特殊召喚した｣ということになる。
(《サイバー・サモン・ブラスター》等に関係)
このように、種族･属性･レベル等｢モンスター自身の情報｣に関する場合は注意を要する。
CROSSROADS OF CHAOSで登場した「
デッキ破壊効果またはバーン効果を持つモンスターが多い。
ビートダウン、デッキ破壊、バーンと三つの戦術が混在してるが、とにかく属するモンスターの数が少ないため、扱いは難しい。
―「