単語としての「カウンター」には、「数えるための物や人」や「反対・反撃する」などの意味がある。
どちらもアルファベットで「Counter」と表記するが、この二つは全く違う意味で使われる。
後述の通り遊戯王OCGでは両方の意味で用いられるため、混同しないよう注意したい。
特定のカードの効果などによって指定されるカードに置く目印になります。
カウンターには様々な種類があり、それぞれのカウンターを必要とするカードの効果によって様々な効果が適用されます。
なお、基本的にそれぞれのカウンター自体に効果はありません。
（公式ルールブック マスタールール２対応 バージョン 1.0 より引用）
カードの効果によって目印としてカードの上に置かれるもの。
魔力カウンターやヴェノムカウンターなどの多くの種類のカウンターが存在する。
カウンター自体は効果を持たないが、「乗っているカウンターの数×300ポイント攻撃力が上がる」「カウンターを取り除いて効果を発動する」など、様々なカードの効果に利用される。
カウンターはフィールドの表側表示のカードにのみ置く事ができる。
カウンターの乗ったカードがフィールドから離れた場合や裏側表示になった場合、乗っていたカウンターは全て取り除かれる。
モンスタートークンと同じで、何をカウンターとして使用するかの決まりはない。
おはじきやコインなどを載せてもいいし、スリーブの異なるカードが使われる場合もある。
特に使用するカウンターの数が多くなる場合、サイコロの目でカウンターの数を表すとかさばらず数も数えやすくなる。
太字は２枚以上のカードに関連するカウンター。（同名カウンターである意味がないものは除く）
※の付いた物はコナミによって配布された。
※特定の名前のカウンターのみに関連する効果を持つカードは、上記の各カウンターのページを参照。
―種類を問わずカウンター全般に影響するカード
―特定の名前を持たない「カウンター」に関連するカード
―カウンターカード
Ｑ：カウンターを使用する際、試合前にお互いに何をカウンターとして使うと事前に申告しなければ各種カウンターを使用することはできないのでしょうか。
Ａ：カウンターは使用者が用意している物であるなら事前に確認を取る必要はありません。(09/08/31)
Ｑ：「カウンターを置く」とテキストに記されていない効果を管理するため、カウンターを用いることはできますか？
例えば、《光の護封剣》のターン経過、１ターンに１度しか特殊召喚できない「霊獣使い」を特殊召喚したか否かなどを、カードにカウンターを乗せて数えることはできますか？
Ａ：ショップデュエルの場合、基本的には『ショップデュエル大会規定 ４、禁止事項と大会中のマナー』の『17.デュエルフィールド上に、デュエルの進行に必要の無い物を置く。』にもある通り、カードの効果処理以外を理由に、カードにカウンターを置く事はできません。
何らかの理由により、やむを得ず効果処理以外の目的でカードの上にカウンターを置き使用したい場合には、まずは対戦開始前に対戦相手および審判と相談し、その判断に従ってください。(14/10/31)
カウンター罠の略。
転じて「魔法・罠カードの発動」や「モンスターの召喚や効果」等を無効にする行為を指す。
格闘技において、パンチしてきた相手に対し逆にパンチを叩き込む技術であり、相手との相対速度を利用して普通のパンチ以上のダメージを相手に与えることができる。
デュエルにおいては上記から転じて、ダメージステップ時に《突進》や《収縮》等で攻撃力を変動させ、相手の攻撃を返り討ちにする事（コンバットトリック）を指す場合がある。