ジュニアルールは、誰でも手軽にデュエルができるように作られたルールです。
基本的には新エキスパートルールと同じですが、魔法や罠の使用がやさしくなり、チェーンが複雑にならないよう工夫されています。
(STRUCTURE DECK−城之内編−付属 公式ルールブック P46〜47より引用)
カードをセットしたら、罠カードは次の相手のターンから、魔法カードは次の自分のターンから使用できます。
速攻魔法は、セットした次の相手のターンから使用可能となりますので注意してください。
(同P47より引用)
第2期の新エキスパートルール制定と同時に、公式ルールの代わりに登場したルール。
生け贄召喚が存在しないため、公式ルールと同様にレベルを気にせずに大型モンスターで遊ぶことができる。
魔法・罠カードに厳しい使用制限が掛かっているため、複雑なチェーンの応酬が発生しにくく、ルールに疎い初心者にも優しい仕様となっている。
ただ、原作は既にこのルールが作られた時期には「バトルシティ編」に入っており、生け贄召喚の存在するエキスパートルールを使用していた。
このため、「原作・アニメのなりきり」という性質の強いジュニア層にはほとんど普及せず、ごく一部のジュニア大会で使用された程度であった。
第3期以降のルールブックには掲載されておらず、消滅したルールとなっている。