Ｅ・ＨＥＲＯを中心とする【正規融合】。
サーチとデッキ圧縮を繰り返し、デッキ内の魔法カード比率・墓地のモンスター比率を高める。
準備が整った所で融合モンスターを次々と融合召喚し、ビートダウンを行う。
《Ｅ・ＨＥＲＯ アナザー・ネオス》主体のデッキは【Ｅ・ＨＥＲＯビート】を参照。
《Ｅ・ＨＥＲＯ ネオス》主体のデッキは【ネオスビート】・【レインボー・ネオス】・【ネオス・ワイズマン】を参照。
コンタクト融合主体のデッキは【コンタクト融合】を参照。
《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン/Elemental Hero Stratos》 効果モンスター（制限カード） 星４/風属性/戦士族/攻1800/守 300 このカードが召喚・特殊召喚に成功した時、 次の効果から１つを選択して発動する事ができる。 ●自分フィールド上に存在するこのカード以外の 「ＨＥＲＯ」と名のついたモンスターの数まで、 フィールド上に存在する魔法または罠カードを破壊する事ができる。 ●自分のデッキから「ＨＥＲＯ」と名のついた モンスター１体を手札に加える。
《融合/Polymerization》 通常魔法 手札・自分フィールド上から、融合モンスターカードによって決められた 融合素材モンスターを墓地へ送り、その融合モンスター１体を エクストラデッキから特殊召喚する。
《超融合/Super Polymerization》 速攻魔法 手札を１枚捨てて発動できる。 自分・相手フィールド上から融合モンスターカードによって決められた 融合素材モンスターを墓地へ送り、その融合モンスター１体を 融合召喚扱いとしてエクストラデッキから特殊召喚する。 このカードの発動に対して、魔法・罠・効果モンスターの効果を発動できない。
《ミラクル・フュージョン/Miracle Fusion》 通常魔法 自分のフィールド上または墓地から、融合モンスターカードによって 決められたモンスターをゲームから除外し、「Ｅ・ＨＥＲＯ」という 名のついた融合モンスター１体を融合デッキから特殊召喚する。 （この特殊召喚は融合召喚扱いとする）
融合関連カードを初めとし魔法カードには必須カードが多い一方、罠カードにはデッキスロットの関係もあり、それほど重要な物は無い。
Ｅ−ＨＥＲＯに特化した【Ｅ・ＨＥＲＯ】。
《ダーク・フュージョン》・《ダーク・コーリング》を主軸に融合召喚を行う。
詳細は該当ページ参照。
別名【ＭＨＴ】。
【雑貨貪欲ターボ】と【Ｅ・ＨＥＲＯ】をミックスしたようなデッキ。
《貪欲な壺》による高速デッキ回転を《ホープ・オブ・フィフス》で再現したデッキとも言える。
【雑貨貪欲ターボ】における《カオス・ソーサラー》の役目を魔法カードである《ミラクル・フュージョン》に任せている。
単独で使えるカードが非常に少なく、【雑貨貪欲ターボ】と同じような感覚で構築するとバランスを崩すので注意。
【Ｅ・ＨＥＲＯ】が苦手とする除外を、《フュージョン・ゲート》を軸として逆に利用する。
《フュージョン・ゲート》の特性から、手札消費が少ないのも特徴。
《フュージョン・ゲート》を維持出来れば、《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》の効果を併用して手札消費１枚で融合可能。
《平行世界融合》は《ミラクル・フュージョン》の代用となり、《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》を戻し、サーチ出来ればさらなるアドバンテージに繋がる。
《融合》を使わず、《沼地の魔神王》は必須カードと言えなくなるので、融合素材にカード名を指定する融合モンスターは使い難くなる。
《Ｅ・ＨＥＲＯ Ｔｈｅ シャイニング》は効果を最大限活かせ、非常に相性が良い。
除外軸なので《次元の裂け目》や《マクロコスモス》を苦にせず、メタカードとして投入可能。
以下に挙げるように、上記のデッキとはまた違った、こちらならではのサポートカードが充実しているのも特徴。
《フュージョン・ゲート》を狙われると脆い事に注意。
対策として《Ｓｉｎ スターダスト・ドラゴン》を投入するのも良い。
これで除外した《スターダスト・ドラゴン》は、《平行世界融合》で《Ｅ・ＨＥＲＯ Ｇｒｅａｔ ＴＯＲＮＡＤＯ》の融合素材になる。
フィニッシャーに《Ｅ・ＨＥＲＯ ゴッド・ネオス》を採用した形。
ＨＥＲＯ、ネオス、
Ｄ−ＨＥＲＯ、Ｅ−ＨＥＲＯを混ぜる事も可能。
比較的使われやすいのは以下のモンスター。
《ジャンク・シンクロン》と《シンクロ・フュージョニスト》を採用した形。
上記の２体でシンクロ召喚し、各種融合カードをサーチする。
《マジック・ストライカー》を組み合わせる事でレベル８シンクロモンスターも出せる。
《スターダスト・ドラゴン》や《スクラップ・ドラゴン》等のドラゴン族シンクロモンスターから、《波動竜騎士 ドラゴエクィテス》へも繋げる。
《Ｅ・ＨＥＲＯ Ｔｈｅ シャイニング》の融合素材となる《ライトロード・ハンター ライコウ》や、《Ｅ・ＨＥＲＯ アブソルートＺｅｒｏ》の融合素材となる《ペンギン・ソルジャー》も《ジャンク・シンクロン》に対応する。
魔法カードに依存する為、《ホルスの黒炎竜 ＬＶ８》・《ナチュル・ビースト》・《魔法族の里》等の魔法カード封じは天敵。
魔法全てでなくとも、《融合》・《ミラクル・フュージョン》を《封魔の呪印》で封じられても厳しい。
融合召喚が主戦術の為、特殊召喚を封じる《フォッシル・ダイナ パキケファロ》・《虚無魔人》・《大天使クリスティア》等も天敵。
《ミラクル・フュージョン》・《貪欲な壺》・《融合回収》等は、墓地にモンスターがいなければ死に札になる。
なので《生者の書−禁断の呪術−》・《霊滅術師 カイクウ》等の墓地除外効果や、《次元の裂け目》・《マクロコスモス》等の除外カードも厄介だが、《Ｅ・ＨＥＲＯ ボルテック》や《平行世界融合》である程度は対処可能。
同様に、墓地封じ効果を持った《王家の眠る谷−ネクロバレー》を使う【墓守】も苦手。
戦士族モンスターに強い《サイファー・スカウター》も厄介で、生半可な融合モンスターでは瞬殺される。
滅多に遭遇はしないだろうが、融合召喚主軸デッキの天敵《フュージョニストキラー》にも注意。
このデッキにとって《超融合》は逆に天敵にもなるカード。
Ｅ・ＨＥＲＯを含むモンスターを２体並べると、それらを纏めて融合素材にされる。
《超融合》とＥ・ＨＥＲＯ融合モンスターを使うのは、Ｅ・ＨＥＲＯが主軸のデッキくらいなので過度に警戒する必要は無いが、ミラーマッチでは要注意。
なおミラーマッチでは、自分の《摩天楼 −スカイスクレイパー−》や《フュージョン・ゲート》を相手も使える事にも注意。
マスタールール制定によりエクストラデッキの枚数が最大で15枚と制限された。
Ｅ・ＨＥＲＯ融合体だけでも15種類を超える上、Ｅ−ＨＥＲＯやその他の融合モンスター・シンクロモンスター・エクシーズモンスターの存在を考えると、今まで以上に取捨選択は重要。
どうエクストラデッキを組むかが腕の見せ所だろう。