度重なるサポートカードの登場、さらには《未来融合−フューチャー・フュージョン》の登場により強くなった。
《未来融合−フューチャー・フュージョン》は制限カードとなったが、《封印の黄金櫃》の存在もあり、さほど影響はない。
また、《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》により、融合成功率が格段に上がり、手札消費も抑えられるようになった。
《融合》のイメージが強いが、デュエルで多用するのは墓地からの《ミラクル・フュージョン》である。
ゆえに、相変わらず《封魔の呪印》などで《ミラクル・フュージョン》を封じられると途端に無力化する。
また、主力が完全に特殊召喚頼りなため、《虚無魔人》《王宮の弾圧》に非常に弱い。
《王宮の弾圧》を３枚積まれると、ほぼ勝ち目がなくなる。
《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》の力で、どうにかできれば良いのだが…。
非常に弱点が分かり易く、その対策が取られ易いのもファンデッキ扱いされてしまう要因だろう。
Ｅ・ＨＥＲＯの基本は融合し、大量のデッキ圧縮とサーチカードの多用を行う。
以下のカードがその代表例である。
《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》 効果モンスター 星４/風属性/戦士族/攻1800/守 300 このカードの召喚、特殊召喚に成功した時、 次の効果から１つを選択して発動する事ができる。 ●自分フィールド上に存在するこのカードを除く「ＨＥＲＯ」と名のついたモンスターの数まで、 フィールド上の魔法、罠カードを破壊する事ができる。 ●自分のデッキから「ＨＥＲＯ」と名のついたモンスター１体を選択して手札に加える。
《沼地の魔神王/King of the Swamp》 効果モンスター 星３/水属性/水族/攻 500/守1100 このカードを融合素材モンスター１体の代わりにする事ができる。 その際、他の融合素材モンスター１体は正規のものでなければならない。 また、このカードを手札から墓地に捨てる事で、 デッキから「融合」魔法カードを手札に加える。 その後デッキをシャッフルする。
《未来融合−フューチャー・フュージョン/Future Fusion》 永続魔法 自分のデッキから融合モンスターカードによって決められたモンスターを 墓地へ送り、融合デッキから融合モンスター１体を選択する。 発動後２回目の自分のスタンバイフェイズ時に選択した融合モンスターを 自分フィールド上に特殊召喚する（この特殊召喚は融合召喚扱いとする）。 このカードがフィールド上に存在しなくなった時、そのモンスターを破壊する。 そのモンスターが破壊された時このカードを破壊する。
《増援/Reinforcement of The Army》 通常魔法（準制限カード） デッキからレベル４以下の戦士族モンスター１体を手札に加え、 デッキをシャッフルする。
墓地に送ったカードは《ミラクル・フュージョン》で有効活用できる。
正規のＥ・ＨＥＲＯでデッキに入れるのは《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》・《Ｅ・ＨＥＲＯ スパークマン》・《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドマン》の３体が最優先であろう。
《Ｅ・ＨＥＲＯ スパークマン/Elemental Hero Sparkman》 通常モンスター 星４/光属性/戦士族/攻1600/守1400 様々な武器を使いこなす、光の戦士のＥ・ＨＥＲＯ。 聖なる輝きスパークフラッシュが悪の退路を断つ。
《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドマン/Elemental Hero Wildheart》 効果モンスター 星４/地属性/戦士族/攻1500/守1600 このカードは罠の効果を受けない。
融合こそできないものの《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》は１枚で《Ｅ−エマージェンシーコール》と《Ｒ−ライトジャスティス》を兼ねる万能カード。
限定カードではあるが、ガジェットのような使い方も可能であるため、このカード３枚の投入は必須となる。
《Ｅ・ＨＥＲＯ スパークマン》は辛うじてアタッカーとして通用する攻撃力1600を誇る。
また融合先の《Ｅ・ＨＥＲＯ シャイニング・フレア・ウィングマン》がフィニッシャーとして活躍する。
専用の装備カード《スパークガン》も、《エネミーコントローラー》３回分と悪くない性能である。
《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドマン》は守備力1600とそれなりに場持ちが良く、罠カードが効かない効果を持つ。
また融合形態の《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドジャギーマン》も高攻撃力にして全体攻撃持ち。
大多数のＥ・ＨＥＲＯとは一線を隔する性能を有している。
《Ｅ・ＨＥＲＯ シャイニング・フレア・ウィングマン/Elemental Hero Shining Flare Wingman》 融合・効果モンスター 星８/属性/戦士族/攻2500/守2100 「Ｅ・ＨＥＲＯフレイム・ウィングマン」＋「Ｅ・ＨＥＲＯスパークマン」 このモンスターは融合召喚でしか特殊召喚できない。 このカードの攻撃力は、自分の墓地の「Ｅ・ＨＥＲＯ」という名のついた カード1枚につき300ポイントアップする。 このカードが戦闘によってモンスターを破壊し墓地へ送った時、 破壊したモンスターの攻撃力分のダメージを相手ライフに与える。
《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドジャギーマン/Elemental Hero Wildedge》 融合・効果モンスター 星８/地属性/戦士族/攻2600/守2300 「Ｅ・ＨＥＲＯワイルドマン」＋「Ｅ・ＨＥＲＯエッジマン」 このモンスターは融合召喚でしか特殊召喚できない。 相手フィールド上の全てのモンスターに1回ずつ攻撃をする事ができる。
その他のＥ・ＨＥＲＯも《未来融合−フューチャー・フュージョン》をフル活用するためにも投入しておきたい。
ただし、スペースの関係と《Ｅ・ＨＥＲＯ エリクシーラー》の効果で再利用できることを考えると各々１枚で十分だろう。
Ｅ・ＨＥＲＯ融合体に関しては、《Ｅ・ＨＥＲＯ シャイニング・フレア・ウィングマン》《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルドジャギーマン》等、主戦力は勿論のこと、融合召喚の幅を広げる意味でも
《Ｅ・ＨＥＲＯ フレイム・ウィングマン》《Ｅ・ＨＥＲＯ サンダー・ジャイアント》や《Ｅ・ＨＥＲＯ ワイルド・ウィングマン》《Ｅ・ＨＥＲＯ ネクロイド・シャーマン》等を可能な限り投入しておきたい。
《記憶破壊者》に対するリスクは大きいが、それは【Ｅ・ＨＥＲＯ融合】?が負う性なので、中途半端に枚数を削るより応用力を優先したい。
Ｅ・ＨＥＲＯ以外のモンスターは《沼地の魔神王》が必須。
１枚で《融合》と融合素材代用モンスターという高い汎用性を持つ。
ただし、《未来融合−フューチャー・フュージョン》で融合素材にすることはできないことに注意しよう。
安定性を高めたいならスタンダード向きのモンスターもある程度違和感無く採用できる。
《サイバー・ドラゴン》や《増援》に対応する《異次元の女戦士》《Ｄ.Ｄ.アサイラント》のような汎用戦士族モンスター等。
アタッカーの特殊召喚や除外効果などは融合できない状況での攻撃力の不足を補うことが可能。
状況によって《サイバー・ツイン・ドラゴン》《サイバー・エンド・ドラゴン》も使用できる。
《人造人間−サイコ・ショッカー》で罠カードにより融合モンスターが消されるのを防ぐのも良い。
デッキの性質上、墓地にモンスターを送りやすく、手札消費は激しくなるため《貪欲な壺》を使うこともできる。
ただ、墓地の融合素材を除外してしまう《ミラクル・フュージョン》との兼ね合いに注意したい。
墓地の魔法カードをサルベージできる《聖なる魔術師》も利便性は高い。
《ミラクル・フュージョン》が主力魔法だが、《融合》を多用するなら《メタモルポット》も良い。
《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》をサルベージできる《戦士の生還》も是非採用したい。
なお、《沼地の魔神王》をサルベージできる《サルベージ》は、《Ｅ・ＨＥＲＯ バブルマン》や《Ｅ・ＨＥＲＯ オーシャン》を回収できる。
対象は限定されるものの、１枚消費で２枚サルベージ出来るため入れておけば役に立つこともあるだろう。
とは言え、このデッキは《ミラクル・フュージョン》主体のため、《Ｅ・ＨＥＲＯ オーシャン》とはあまりマッチしない。
《サルベージ》を使うにしても、《Ｅ・ＨＥＲＯ オーシャン》を無理に採用する必要は無いだろう。
Ｅ・ＨＥＲＯのサポートカードは多々あるが、どれもやや厳しいところ。
Ｅ・ＨＥＲＯをデッキから容易にサーチできる《Ｅ−エマージェンシーコール》は非常に優秀なのだが現在は《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》に劣る。
《Ｅ・ＨＥＲＯ エアーマン》をより確実にサーチしたいのなら使っても良いが。
《Ｏ−オーバーソウル》は、墓地からのサルベージが容易なＥ・ＨＥＲＯ版《死者蘇生》ともいうべきカードである。
ただし、通常モンスターに限定されずに戦士族をサルベージできる《戦士の生還》の方が汎用性は高く、各々状況に応じて投入すべきところである。
魔法・罠の除去手段として《Ｒ−ライトジャスティス》、下級Ｅ・ＨＥＲＯの攻撃力不足を補える《摩天楼 −スカイスクレイパー−》は投入候補として大いに採用を検討できる。
専用サポートカード以外のサポートカードとしては、《増援》も特に有効。
《Ｅ−エマージェンシーコール》とは違い下級Ｅ・ＨＥＲＯしかサーチできないものの、Ｅ・ＨＥＲＯが全て戦士族であるため相性は良い。
ファンデッキの性質上、望んで《融合》を３枚積みするのであれば《融合回収》も役に立つ。
ただし、《ミラクル・フュージョン》との兼ね合いには注意したい。
《虚無魔人》《王宮の弾圧》が場にある限り、融合は全て封じられてしまう。
また、《融合》《ミラクル・フュージョン》という【Ｅ・ＨＥＲＯ融合】?の生命線を《封魔の呪印》で封じられると、完全にパワー負けしてしまう。
また、《ミラクル・フュージョン》《貪欲な壺》《融合回収》等は墓地にモンスターがいなければ死に札になってしまう。
《霊滅術師 カイクウ》等の墓地リムーブ?効果や、《マクロコスモス》等の除外関連カードを採用するデッキは大の苦手。
【墓守】等の「墓地封じ」効果も、このデッキには致命的である。