ターンの終了を宣言し、フィールド上に「エンドフェイズに〜する」と書かれているカードが存在する場合、そのカードの処理をこのフェイズで行います。
このフェイズ終了時にターンプレイヤーの手札が６枚を超えている場合、自分で６枚になるようにカードを選んで墓地に捨てます。
（公式ルールブック バージョン 1.0 より引用）
エンドフェイズに生じる強制効果、任意効果の処理やコストの支払いなどは、優先権を持つプレイヤーから、好きな順番で処理できる。
エンドフェイズに処理しなければならない効果がある場合でも優先権の放棄は可能。
しかしお互いに続けて優先権を放棄した場合は、ターンプレイヤーからその効果を処理する。(09/10/28)
優先権を持ったプレイヤーは、エンドフェイズに生じる強制効果等の処理を後回しにして、先にクイックエフェクト等を発動可能。
Ｑ：手札枚数の調整を行った後にクイックエフェクトを発動することはできますか？
Ａ：いいえ、できません。(12/08/08)
Ｑ：手札枚数の調整を行ったことにより発動した《暗黒界の書物》や《ダンディライオン》の効果に対してカードをチェーンすることはできますか？
Ａ：はい、できます。(12/08/08)
Ｑ：手札枚数の調整を行ったことにより発動した《暗黒界の書物》や《ダンディライオン》の効果によってモンスターが特殊召喚されたタイミングやその後のタイミングでカードを発動することはできますか？
Ａ：調整中(12/08/08)
Ｑ：ターンプレイヤーの自分フィールド上には、《エフェクト・ヴェーラー》によって効果が無効になった《アルカナフォースＸＸＩ−ＴＨＥ ＷＯＲＬＤ》、《光神機−桜火》２体、その他モンスター２体が存在します。
エンドフェイズ、互いに最善の手順で処理を行うと、その手順の詳細と結果はどうなりますか？
Ａ：自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は強制処理である１体目の《光神機−桜火》を自壊させます（自壊後、優先権は自分にあります）。
自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は強制処理である２体目の《光神機−桜火》を自壊させます（自壊後、優先権は自分にあります）。
自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は優先権を放棄します。相手は強制処理である《エフェクト・ヴェーラー》の効果の適用を終了させます。
自分は《アルカナフォースＸＸＩ−ＴＨＥ ＷＯＲＬＤ》の効果を発動できます。(12/09/21)