ターンの終了を宣言し、フィールド上に「エンドフェイズに〜する」と書かれているカードが存在する場合、そのカードの処理をこのフェイズで行います。
このフェイズ終了時にターンプレイヤーの手札が６枚を超えている場合、自分で６枚になるようにカードを選んで墓地に捨てます。
（公式ルールブック マスタールール２対応 バージョン 1.0 より引用）
エンドフェイズに生じる強制効果、任意効果の処理やコストの支払いなどは、優先権を持つプレイヤーから、好きな順番で処理できる。
これらの効果はチェーンを組まず、１つずつ別々に処理を行う。
ただし、《砂漠の光》で複数のリバース効果を同時に発動させた時のように同時に複数のカードが発動した場合は、チェーンを組んで処理をする。
処理の順番はチェーンブロックを作るか作らないかは関係なく、好きな順に行うことができる。
例えば、妥協召喚した《ミストデーモン》のコントロールを《エネミーコントローラー》で奪った場合、《ミストデーモン》の自壊（チェーンブロックを作る誘発効果）と、「エンドフェイズ時にコントロールを戻す効果」（チェーンブロックを作らない）は、それぞれ任意の順番で処理を行う事ができる。(12/05/05)
エンドフェイズに行うべき処理が全て終わるまで、処理は続けられる。
全ての処理が終った後に、次のターンへ移る。
「強制効果だから先に処理しなければならない」といった決まりもなく、エンドフェイズに処理しなければならない効果がある場合でも優先権の放棄は可能。
また、エンドフェイズに生じる強制効果等の処理を後回しにして、先にクイックエフェクト等を発動する事もできる。
しかしお互いに続けて優先権を放棄した場合は、ターンプレイヤーから先にその効果を処理しなければならない。(09/10/28)
Ｑ：手札枚数の調整を行った後にクイックエフェクトを発動することはできますか？
Ａ：いいえ、できません。(12/08/08)
Ｑ：手札枚数の調整を行ったことにより発動した《暗黒界の書物》や《ダンディライオン》の効果に対してカードをチェーンすることはできますか？
Ａ：はい、できます。(12/08/08)
Ｑ：手札枚数の調整を行ったことにより発動した《暗黒界の書物》や《ダンディライオン》の効果によってモンスターが特殊召喚されたタイミングやその後のタイミングでカードを発動することはできますか？
Ａ：調整中(12/08/08)
Ｑ：ターンプレイヤーの自分フィールド上には、《エフェクト・ヴェーラー》によって効果が無効になった《アルカナフォースＸＸＩ−ＴＨＥ ＷＯＲＬＤ》、《光神機−桜火》２体、その他モンスター２体が存在します。
エンドフェイズ、互いに最善の手順で処理を行うと、その手順の詳細と結果はどうなりますか？
Ａ：自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は強制処理である１体目の《光神機−桜火》を自壊させます（自壊後、優先権は自分にあります）。
自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は強制処理である２体目の《光神機−桜火》を自壊させます（自壊後、優先権は自分にあります）。
自分は優先権を放棄します。相手も優先権を放棄します。
自分は優先権を放棄します。相手は強制処理である《エフェクト・ヴェーラー》の効果の適用を終了させます。
自分は《アルカナフォースＸＸＩ−ＴＨＥ ＷＯＲＬＤ》の効果を発動できます。(12/09/21)
Ｑ：自分の《魔導教士 システィ》を対象に相手が《エフェクト・ヴェーラー》の効果を発動しました。
エンドフェイズにどのように効果処理を行いますか？
Ａ：ご質問頂きました状況の場合、ターンプレイヤーから先に処理を行うか否か選択し、次に相手プレイヤーが処理を先に行うか否か選択します。
その際に、お互いに処理を先に行わないと宣言した場合、必ず処理を行う必要がある相手の《エフェクト・ヴェーラー》の処理が先に行われ、その後《魔導教士 システィ》の効果を処理する事ができます。(13/02/14)