効果モンスター・魔法・罠カードに記されているそのカードの使用法を指します。
最新のカードテキストでは、「(1)：〜〜。」「(2)：〜〜。」というように記載されており、１つ１つのカードの効果が分かりやすいようになっています。
一部のカードには、その効果を発動するための条件となる手順やコスト（手札を捨てる、ライフポイントを払う、など）が定められているカードも存在します。
効果を発動するためにモンスターをリリースする行為や、戦闘によるモンスターの破壊などは「カードの効果」には当てはまりません。
基本ルールとカードの効果が矛盾している場合、基本的に各カードの効果が優先されます。
例えば基本ルールではモンスターは１ターンに１回しか攻撃できませんが、カードの効果によって２回攻撃できるようにすることも可能です。
（公式ルールブック マスタールール３対応 バージョン 1.0 より引用）
―効果を複製するカード
―効果を変更するカード
―特別な「効果を得る」カード
（以下のカードの「効果を得る」テキストは、《スキルドレイン》などで無効にはならないが、《Ｎｏ.８ 紋章王ゲノム・ヘリター》などで複製可能であり、永続効果・ルール効果・効果外テキストとも異なるためここに記す）
Ｑ：《アンデット・スカル・デーモン》と《アンデットワールド》が存在しています。
その状況でセットされた《Ｓｉｎ サイバー・エンド・ドラゴン》がリバースしＳｉｎが２体になった場合、《Ｓｉｎ サイバー・エンド・ドラゴン》は破壊されますか？
Ａ：はい、破壊されます。(15/04/20)
Ｑ：セットされた《墓守の長》がリバースし「《墓守の長》が２体」になった場合、リバースした《墓守の長》は破壊されますが、この時《柴戦士タロ》の効果は発動しますか？
Ａ：「１枚しか存在できない」というルールに従い破壊しているのであり、カードの効果による扱いではないため《柴戦士タロ》の効果は発動しません。(15/04/24)
Ｑ：《光の護封剣》が発動してから３ターン目に破壊されるとき、《柴戦士タロ》の効果は発動しますか？
Ａ：《光の護封剣》の破壊はカードの効果による破壊とは扱いません。
《柴戦士タロ》の発動条件は満たしていないため、発動しません。(15/05/02)
Ｑ：《光の護封剣》が発動してから３ターン目に破壊されるとき、《光の護封剣》の効果が無効になっていれば《光の護封剣》はフィールドに残りますか？
Ａ：いいえ、発動した時に３ターン目に破壊されることになっているので、３ターン目の時に《光の護封剣》の効果が無効になっていても破壊されます。(15/04/20)
Ｑ：《アンデット・スカル・デーモン》と《アンデットワールド》が存在しています。
《Ｎｏ.４２ スターシップ・ギャラクシー・トマホーク》のバトル・イーグル・トークンはエンドフェイズ時に破壊されますか？
Ａ：いいえ、破壊されません。(15/04/20)
Ｑ：《簡易融合》で特殊召喚した融合モンスターはエンドフェイズに破壊されますが、この時《柴戦士タロ》の効果は発動しますか？
Ａ：はい、発動します。(15/04/24)