相乗効果、相乗作用を意味する「synergy（シナジー）」に由来する用語。
複数の要因が重なり、それら個々が持つ効果以上の恩恵をもたらすという意味である。
簡単に言えば、相性が良い組み合わせのこと。
コンボが単純な組み合わせを指すのに対し、こちらはそれぞれの効果が相互に絡み合う状態を指す。
例えば《団結の力》を《アレキサンドライドラゴン》に装備した場合はただ強化されるだけだが、《マハー・ヴァイロ》に装備した場合はモンスター効果により更に強化される。
このように、お互いの効果によってより大きな結果を生み出せる組み合わせは「シナジーが高い」もしくは「シナジーがある」と表現される。
最近の主流デッキの中にはカード同士のシナジーが強く、安定性の高い物も多い。
これらはカテゴリとしての戦い方がデザインされている、とも言える。
シナジーとは逆の、相性が悪い組み合わせを「アンチシナジー」と呼ぶ。
アンチシナジーになる組み合わせは避けるべきだが、強力なパワーカード等はあえて無視する場合もある。