ジュニアルールとは初心者に向けて作られたルール。
ただし基本的なルールは新エキスパートルールとあまり変わらない。
一部ルールが違うのみである。
（Booster R1付属ルールカードより引用）
第２期の新エキスパートルール制定と同時に、公式ルールの代わりに登場したルール。
生け贄召喚が存在しないため、公式ルールと同様にレベルを気にせずに大型モンスターで遊ぶことができる。
魔法・罠カードに厳しい使用制限が掛かっているため、複雑なチェーンの応酬が発生しにくく、ルールに疎い初心者にも優しい仕様となっている。
ただ、原作は既にこのルールが作られた時期には「バトルシティ編」に入っており、生け贄召喚の存在するエキスパートルールを使用していた。
このため、「原作・アニメのなりきり」という性質の強いジュニア層にはほとんど普及せず、ごく一部のジュニア大会で使用された程度であった。
第３期には既に自然消滅している。