テーマにのっとって構築されたデッキ。
「宝玉獣」をテーマとした【宝玉獣】、「機械族」をテーマにした【機械族】、除外をテーマにした【除外ビートダウン】などテーマを持ったデッキのことを言う。
定義は非常に曖昧で広く、テーマを持たない【スタンダード】以外のデッキは「テーマデッキ」だとも言える。
原作・アニメのキャラクターのデッキを模したファンデッキもテーマデッキの一種である。
以前はコンボが必要なテーマデッキよりも【スタンダード】の方が強力であったため、「テーマデッキ」と言う呼び名は「勝利を求めないデッキ」（＝ファンデッキ）のようなニュアンスがあったが、最近ではサポートカードの充実によりテーマデッキでもメタデッキに対抗できるだけのパワーを持ったデッキが多くなっている。