テーマにのっとって構築されたデッキ。
「宝玉獣」をテーマとした【宝玉獣】、「機械族」をテーマにした【機械族】、除外をテーマにした【除外ビートダウン】などテーマを持ったデッキのことを言う。
はっきりとした定義はなく、プレイヤーがテーマを想定して作ったデッキは総じて「テーマデッキ」と呼んでも差し支えはない。
原作・アニメのキャラクターのデッキを模したファンデッキもテーマデッキの一種である。
以前はコンボが必要なテーマデッキよりもテーマを特に持たない【スタンダード】の方が強力であったため、「テーマデッキ」と言う呼び名は「勝利を求めないデッキ」（＝ファンデッキ）のようなニュアンスがあったが、最近ではサポートカードの充実によりテーマデッキでもメタデッキに対抗できるだけのパワーを持ったデッキが多くなっている。
１ターンキルなどもきちんとテーマを考えてから組んでいるという点では「テーマデッキ」の一種とも見ることができる。
『デッキ集』にデッキ例が掲載されているので、参考にするとよい。