なんらかのテーマを持って構築されたデッキのこと。
「宝玉獣」をテーマとした【宝玉獣】、「機械族」をテーマにした【機械族】、除外をテーマにした【除外ビートダウン】など、様々なものが存在する。
はっきりとした定義はなく、プレイヤーがテーマを想定して作ったデッキは全て「テーマデッキ」と呼んで差し支えはない。
原作・アニメのキャラクターのデッキを模して作られたデッキもテーマデッキの一種である。
同様に、あらかじめテーマを固めることを想定してデザインされたデザイナーズデッキもこちらに含まれる。