「好み」を重視して構築されたデッキの総称、及びTCG用語。
例え個々のカードが使いづらくても、自分の使いたいカードを投入するのが特徴。
デッキ内容は多種多様。
特定のカテゴリや種族・属性統一のほか、やたら手間のかかる１ターンキル系のコンボもあれば、強力ながらやたら召喚条件の厳しいモンスターを召喚し活躍させるデッキも存在する。
コンボでしか使えないカードだろうが、アドバンテージを失う可能性があろうが自分が活躍させたいのであれば問題なく投入される。
故に、デッキ構築の段階で、「決めたいコンボを決めるために相手へどう対応するのか」をある程度考えて構築する必要がある。
安定性は低い一方でコンボが決まれば強力なデッキが多い。
総合力で主流デッキに劣るため、安定性と引き換えに爆発力に特化させるのは自然な考えであり、またそもそも狙うコンボが大掛かりである場合意図せずそうなることも多い。
トーナメントなど第一線で活躍できるものは少ないが、その分多種多様で派手なコンボが多い。
手札を消耗するカードが投入されることも多い。
そのため、コンボを意識するのは必須の上、相手の行動や次のターンの予測、手札消費対策等、考えることは大量にある。
高度な構築・プレイングテクニックが必要となり、使い手にはかなりの応用力が要求されるデッキが多い。
勘違いしている者も多いが、あくまで「好みを重視」しつつ、勝てるデッキの総称でしかない。
故にスタンダードで活用されている必須カードもある程度は必要になってくる。
ファンデッキだから弱いというわけでもなく、第一線のデッキにも勝利出来るように練り上げられたものも存在する。
どんな相手にも本気のデュエルができるという楽しみこそがその本質である。
勝利を追求するという点ではガチデッキとの差はなく、ある時までファンデッキと呼ばれていたものが環境の変化やサポートカードの追加によって主流デッキの仲間入りすることも多い。
ファンデッキを扱ううえで、デッキタイプがマイナーであるほど情報アドバンテージの面で有利。
一方マイナーなファンデッキは類似デッキがネタデッキばかりで参考になる構築が一つもないということも珍しくない。
アニメオリジナルデュエル「遊戯vsステップジョニー」戦において、闇遊戯がステップジョニーのデッキをこのタイプであると発言した。
ジョニーのデッキは《音楽家の帝王》・《水の踊り子》など、音楽・ダンスなどをモチーフにしたモンスターが多かったのである。
また「KCグランプリ編」で登場した、少年リックのデッキもこれに当たる。
彼のデッキは、ほとんどがドラゴン族通常モンスターで構成されていた（一応《ドラゴンの秘宝》や《スピリット・ドラゴン》は入っている）。
表遊戯はアドバイスと共に、彼のデッキに相性がいい《凡骨の意地》をプレゼントした。