「好み」を重視して構築されたデッキの総称、及びTCG用語。
例え個々のカードが使いづらくても、自分の使いたいカードを投入するのが特徴。
デッキ内容は多種多様。
特定のカテゴリや種族・属性統一のほか、やたら手間のかかる１ターンキル系のコンボもあれば、強力ながらやたら召喚条件の厳しいモンスターを召喚し活躍させるデッキも存在する。
原作のキャラクターを意識した構築、名場面の競演をフィールド上に再現するためのコンボなども代表的。
コンボでしか使えないカードだろうが、アドバンテージを失う可能性があろうが自分が活躍させたいのであれば問題なく投入される。
故に、デッキ構築の段階で、「決めたいコンボを決めるために相手へどう対応するのか」をある程度考えて構築する必要がある。
安定性は低い一方でコンボが決まれば強力なデッキが多い。
主流デッキは総合力により安定した強さを意識するのに対し、こちらはコンボの結果やシナジーを意識し特化するため、爆発力に向かうのは自然な流れである。
特に、そもそも狙うコンボが大掛かりである場合意図せずそうなることも多い。
トーナメントなど第一線で活躍できるものは少ないが、その分多種多様で派手なコンボが多い。
手札を消耗するカードが投入されることも多い。
そのため、コンボを意識するのは必須の上、相手の行動や次のターンの予測、手札消費対策等、考えることは大量にある。
高度な構築・プレイングテクニックが必要となり、使い手にはかなりの応用力が要求されるデッキが多い。
「自分の好みのカードしか入れないデッキ」と勘違いしている者も多いが、あくまで「好みを重視しつつも勝てる（勝ちに行く）デッキ」の総称である。
勝ちに行く意識が無ければせっかくの好みのカードに見せ場も用意できないため、そのためにスタンダードで活用されている必須カードもある程度は必要になってくる。
ファンデッキだから弱いというわけでもなく、第一線のデッキにも勝利出来たり、大会でも優勝を重ねられるように練り上げられたりしたものも存在する。
どんな相手にも本気のデュエルができるという楽しみこそがその本質である。
勝利を追求するという点ではガチデッキとの差はなく、ある時までファンデッキと呼ばれていたものが環境の変化やサポートカードの追加によって主流デッキの仲間入りすることも多い。
また、ファンデッキを扱ううえで、デッキタイプがマイナーであるほど情報アドバンテージの面で有利になる。
動きの特殊なものはマストカウンターが見極めづらく、専用のコンボ・シナジーにより相手の裏をかけるなど、動きを知らない相手には完勝できることも多い。
マイナーであるからこそ、使い手と相手の知識量・構築力・応用力が如実に試されるのも醍醐味である。
その分、マイナーなファンデッキを作ろうとした場合は、類似デッキが全く見当たらないどころかネタや派生ばかりで参考になる構築が一つもないということも珍しくない。