リンクモンスターのイラストの周囲にある矢印状の部分の事。
新マスタールールでは、通常エクストラデッキのモンスター（融合・シンクロ・エクシーズ・ペンデュラム・リンクモンスター）を特殊召喚する場合、エクストラモンスターゾーンにしか特殊召喚できない。
しかしリンクマーカーが指している（リンク先の）メインモンスターゾーンには、例外的にエクストラデッキからモンスターを特殊召喚できる。
もちろんメインモンスターゾーンに出したリンクモンスターのリンクマーカーも有効なので、リンクマーカーを繋いでいく事で自分フィールドをリンクモンスターで埋め尽くす事もできる。
リンクマーカーは左上・上・右上・右・左・右下・下・左下の８方向の枠が存在する。
このうち、枠の中が赤くなっている方向が「そのモンスターのリンクマーカー」となる。
なお、リンクマーカーの数はそのリンクモンスターのLINKの数に等しい。
LINKの数が大きいほど必要なリンク素材が増えるが、その分多くのリンクマーカーを持ち高い展開補助能力を持つ事になる。
《デコード・トーカー》 リンク・効果モンスター 闇属性/サイバース族/攻2300 【ＬＩＮＫ−３：上/左下/右下】【】内、LINKの右側に記載しているのがリンクマーカーの方向である。