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第2期から第5期までの非常に長い期間使用されていたルール。
現在使用されているOCGのルールのほとんどはこの時期までに成立している。
★デッキがなくなると負け
デッキがなくなり、ドローする機会(魔法や効果を含む)にカードが引けなくなった方が負けとなった。
★手札カードは6枚まで。
手札の最大枚数が6枚までに制限された。
エンドフェイズに手札が7枚以上ある場合、6枚になるまでカードを捨てなければならない。
★サイドデッキが15枚に
いままではサイドデッキの枚数は10枚だったが、新エキスパートルールでは15枚までに拡充された。
★先攻もドロー可能
先攻プレイヤーも1ターン目にカードをドローできるようになった。
ただしモンスターによる攻撃はできない。
★1勝2分けでも勝利
いままではトータルで1勝2分けだったデュエルは引き分けとされていたが、新ルールでは1勝2分けでも勝ちとなった。
★罠は使用後破壊
罠は「発動後破壊する」という表記の物以外はフィールド上に残り続けたが、永続アイコンのないものは発動直後破壊される。
(Booster R1付属ルールカードより引用)
現行のプレイヤーには馴染みが薄いであろうルールのほとんどが廃止され、現在知られている遊戯王OCGのほとんどがこのルールによって成立している。
また、【デッキ破壊】はこのルールが制定されなければ誕生しなかった。
この他、第2期冒頭にチェーンとスペルスピードのシステムが導入され、ゲームとしての体裁がようやく整えられた。
一方で、《暗黒魔族ギルファー・デーモン》の登場で急遽タイミングを逃すというルールが制定される騒ぎとなったのも本ルール制定からまもなくである。
《ならず者傭兵部隊》と《落とし穴》の関係がクローズアップされ、優先権の扱いが問題になったのも第2期であった。
2008年3月15日、マスタールールへの移行によりその役割を終えた。