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第２期から第５期までの期間使用されていたルール。
現在使用されているOCGのルールのほとんどは、この時期までに成立している。
（Booster R1付属ルールカードより引用）
エキスパートルールから変更なし。
現行のプレイヤーには馴染みが薄いであろうルールのほとんどが廃止され、現在知られている遊戯王OCGのほとんどがこのルールによって成立している。
禁止・制限カードの制度が取り入れられたのも、この頃である。
この他、第２期冒頭にチェーンとスペルスピードのシステムが導入され、ゲームとしての体裁が整えられた。
《ならず者傭兵部隊》と《落とし穴》の関係から優先権が、《暗黒魔族ギルファー・デーモン》と《リーフ・フェアリー》からタイミングを逃すルールが周知されるようになるなど、プレイヤー側も戸惑いながらルールに徐々に慣れていった。
2008年3月15日、マスタールールへの移行によりその役割を終えた。