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第２期から第５期までの非常に長い期間使用されていたルール。
現在使用されているOCGのルールのほとんどはこの時期までに成立している。
★デッキがなくなると負け
デッキがなくなり、ドローする機会（魔法や効果を含む）にカードが引けなくなった方が負けとなった。
★手札カードは６枚まで。
手札の最大枚数が６枚までに制限された。
エンドフェイズに手札が７枚以上ある場合、６枚になるまでカードを捨てなければならない。
★サイドデッキが15枚に
いままではサイドデッキの枚数は10枚だったが、新エキスパートルールでは15枚までに拡充された。
★先攻もドロー可能
先攻プレイヤーも１ターン目にカードをドローできるようになった。
ただしモンスターによる攻撃はできない。
★１勝２分けでも勝利
いままではトータルで１勝２分けだったデュエルは引き分けとされていたが、新ルールでは１勝２分けでも勝ちとなった。
★罠は使用後破壊
罠は「発動後破壊する」という表記の物以外はフィールド上に残り続けたが、永続アイコンのないものは発動直後破壊される。
（Booster R1付属ルールカードより引用）
現行のプレイヤーには馴染みが薄いであろうルールのほとんどが廃止され、現在知られている遊戯王OCGのほとんどがこのルールによって成立している。
また、【デッキ破壊】はこのルールが制定されなければ誕生しなかった。
この他、第２期冒頭にチェーンとスペルスピードのシステムが導入され、ゲームとしての体裁がようやく整えられた。
一方で、《暗黒魔族ギルファー・デーモン》の登場で急遽タイミングを逃すというルールが制定される騒ぎとなったのも本ルール制定からまもなくである。
《ならず者傭兵部隊》と《落とし穴》の関係がクローズアップされ、優先権の扱いが問題になったのも第２期であった。
2008年3月15日、マスタールールへの移行によりその役割を終えた。