融合モンスターだけを入れることができたデッキ。（詳しくは融合デッキゾーン参照）
総枚数に上限はなかった。
以前は普通のデッキの様な「枚数が多い事によるデメリット」が存在しなかった。
そのため、融合モンスターを有るだけ叩き込んだ、膨大な枚数の融合デッキを所有しているデュエリストも少なくなかった。
しかし、SHADOW OF INFINITYで《記憶破壊者》というある意味革命的なモンスターが登場。
かつての様な無茶な融合デッキを所有しているデュエリストは見られなくなった。
尚、第６期より、名称がエクストラデッキに変わり枚数に上限が付く。
詳しくは、エクストラデッキの項を参照。