新エキスパートルール/New Expert Rules †
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第２期から第５期までの期間使用されていたルール。
現在使用されているOCGのルールのほとんどは、この時期までに成立している。
- １勝２分けでも勝利
いままではトータルで１勝２分けだったデュエルは引き分けとされていたが、新ルールでは１勝２分けでも勝ちとなった。
（Booster R1付属ルールカードより引用）
エキスパートルールから変更なし。
現行のプレイヤーには馴染みが薄いであろうルールのほとんどが廃止され、現在知られている遊戯王OCGのほとんどがこのルールによって成立している。
禁止・制限カードの制度が取り入れられたのも、この頃である。
この他、第２期冒頭にチェーンとスペルスピードのシステムが導入され、ゲームとしての体裁が整えられた。
《ならず者傭兵部隊》と《落とし穴》の関係から優先権が、《暗黒魔族ギルファー・デーモン》と《リーフ・フェアリー》からタイミングを逃すルールが周知されるようになるなど、プレイヤー側も戸惑いながらルールに徐々に慣れていった。
2008年3月15日、マスタールールへの移行によりその役割を終えた。
- 原作・アニメにおいて―
原作では「バトルシティ編」から「スーパーエキスパートルール」というルールが採用されている。
新エキスパートルールとの主な違いは以下の通り。
- アニメでは上記ルールのうち、「手札からの魔法・罠カードの使用枚数制限」「魔法カードはいつでも発動できる」点は採用されていない。
このために多くのデュエルが構成の変更を余儀なくされており、原作のルールと混同した描写や発言が時折見受けられる。（《天使のサイコロ》等）
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